克罗恩病与肠结核病鉴别困难，很多时候诊断不能明确。此时医生会采取诊断性治疗，如医生不能排除肠结核，可能会采取诊断性抗结核治疗，若诊断为克罗恩病，可能给患者免疫制剂或激素治疗。肠结核与克罗恩病的治疗是不同的，如果克罗恩病接受不必要的抗结核治疗，增加了药物的毒副作用，而肠结核患者接受免疫制剂就可能导致结核扩散全身。诊断性抗结核治疗，即患者先服用或静脉输入抗结核药物一段时间（一般为1~2个月）。然后接受抽血化验及肠镜等检查，看着血液指标和肠道内部病变处是否好转。如若好转，医生可能会做出肠结核倾向的诊断。
为何不采用诊断性克罗恩病治疗？因为与诊断性抗结核治疗相比，前者发生风险的概率高一些，后果可能严重一些。所以医生在诊断不明情况下，优先采用诊断性抗结核治疗。鉴于抗结核药物的毒副作用，医生会全面评估您的身体状况，如肝肾功能指标等，在治疗过程中也会密切监测机体变化，保证治疗安全，患者一定要在短期内（2~3个月）进行内镜复查，以判断药效，医生也需通过随访来判断到底是肠结核还是克罗恩病。